截止到年四月，郑成功已经占有了金厦二地、铜山岛、漳浦县、诏安县、平和县、海澄县、长泰县，他的下一个目标就是漳州。漳州围攻战的惨烈程度在南明历史上完全可以和新会之战放在一档，甚至还要超过新会之战，因为漳州真的被南明军队围了将近半年。
郑军。就在四月份，郑成功大军彻底包围了漳州，并且做出了相应的部署，先是对于漳州城墙四门的部署，每一门设一堵御之将，也设应援将领“以前冲镇万礼、礼武镇陈俸、尾宿营杨正为应援，另拨戎旗镇王秀奇提调兼应援；西门有失，则罪王秀奇。护卫左镇沈明、正兵营陈埙、亲丁镇欧斌专扎北门营盘堵御，以左冲镇杨琦、右冲镇柯鹏、亢宿营林德为应援，另拨提督黄廷为提调兼应援，北门有失，则罪黄廷。以护卫前镇陈尧策、角宿营戴捷专扎东门营盘堵御，以援剿左林胜、中冲镇肖拱宸、后冲镇陈朝、心宿营周腾为应援，以提督右黄山提调兼应援；东门有失，则罪黄山。其南门专扎营盘，以游兵营黄元扎新桥头，后劲镇陈魁扎旧桥头，信武营陈泽、智武营蓝行为应援，另拨北镇陈六御提调兼应援；南门有失，则罪六御”。
全身札甲的明军骑兵。同时，又对漳州外围的一些要地做了安排，堵截有可能出现的清方援军“又拨氐宿营郑荣、柳宿营姚国泰专扎八角楼营盘堵御,以英兵营黄梧为应援,定西侯张名振为提调；八角亭有失，则罪名振。奇兵镇杨祖、援剿后蓝登、房宿营周全斌专扎东岳一带大路，堵御援兵，以中权镇黄兴提调兼应援；大路有失，则罪黄兴。另拨亲随营李长、提督前黄廷、提督中甘辉、铁骑镇刘有才、昴宿营杜辉兼各处应援游兵。”郑成功本人驻扎南院，又调遣其余各镇分守漳浦、海澄、诏安、长泰、平和、南靖等县。至于郑军的总兵力，清方说郑成功调集了“二十七万之悍贼”，如果说郑成功真的有所谓“二十七万之悍贼”，那清军恐怕早就被撵出福建了，如果以每镇人为标准，一营为人标准，其总兵力大概三四万人。
明军总兵力在3到4万人之间。综上所述，这漳州可以说是被围得水泄不通，郑军的包围如同铁桶一般，而漳州城内有多少人呢？漳州府城有副将标营人，水军人，总兵力左右。也就是围攻漳州的南明军队的数量是清军的10倍左右。
步兵。但是南明各军的攻城水平，那是真的差得离谱，前有忠贞营猛攻荆州郑四维不克，后有李定国折戟于新会城下。郑成功也不见得就好到哪去，就在漳州战役之前，他攻打长泰县城也是吃了亏，好在江东桥大战，大败陈锦，长泰县城清朝守军如同惊弓之鸟，守将和县官抛弃城池而去，郑成功这才攻克长泰县城，面对县城都如此，府城就更不要说了，当然不是说郑军打不进去，只能说是要付出更多的伤亡和时间，如果拼着伤亡打进漳州，那也很有可能守不住。
这种明摆着吃亏的事，郑成功是不会干的。所以，在五月份，之前陈锦所调的马进宝部人至漳州时，郑成功放马进宝进了城，江日升记“甘辉曰：逢知至，煇愿领兵御之。功曰：不然。凡行兵之道，岂可全恃勇力？当明彼此之情。今陈锦新丧，提调无人，抚提以素称饶勇之逢知，着其前来，必以一当百。勿战，纵之入城，然后围之。城内多添人马，粮食易竭。外调既迟，内势窘促，破之必矣”一方面，正如郑成功所说，城内守军，再加援军，粮食消耗的速度肯定比原先快，而且人面对三万人依旧是不占什么优势的，所以郑成功可以保证在控制战场的前提之下，以及小的代价消耗对方，直到对方投降，成功攻取漳州，也就是“粮尽自降”。
八旗军。而且还有一个问题，那就是马进宝是浙江金华总兵，根本就不是福建清军，陈锦之所以调浙江兵进福建援救漳州，只能说明福建本地已经无兵可调了，如果郑成功成功逼降漳州，城内的清军必定全军覆没。到时候，郑成功再进攻福建各地，福建各地的清军还有抵抗之力吗？要知道咱们之前说过，整个福建省的清军也就是人，经过这几个月的战斗，尤其是江东桥大战，清军损失了大量的兵力，这也必然造成福建各地的空虚。
于是，郑军开始了围困，郑成功“传令各筑营盘围困，其营盘外开河沟一丈，鹿角一重，木栅一重，木栅内则竖边际，每篷陈三个，隔一位，设一铜百子铳，另筑短墙如城一样困守之”。
从四月到九月，郑军并未强攻漳州，而是加紧修筑工事围困，打退城内清军的反扑，同时不断杀败敢来援救漳州的清军：五月，郑军击败王邦俊、马进宝的联合反扑，同月，郑军水师于崇武击败进犯厦门的清军水师，缴获大船十余艘。到六月份，明军再次击败来犯的清军水师，杀副将一员，七月份，又打退了王邦俊的反扑，城内清军逃出者没有不遭到截杀的。
此时，城里的环境已经恶劣到极点，原先城内只有3到4千名守军，粮食压力相对小一点，而马进宝“入援”之后，城内的军队猛增到余人，粮食消耗的速度增快，导致城内居民很多因为饥饿而丧生，江日升记“但城内人民繁众，蓄积无备，客主之兵既多，仓廪之储告匮，遂夺民食，至不敢举烟。徐而各户断粒，金珠宝玩，贱加瓦砾；纸皮树叶，寻取殆尽。弱肉强食，死亡塞户”清廷官员在战后的奏折中说“我城中人自相食，百姓十死其八，兵马尽皆枵腹，望救岂但燃眉”漳州城内的惨状，由此可见一斑。
清军绿营兵。九月十八日，郑成功接到消息说“金固山砺统浙、直满汉马骑万匹大队星夜入援，至泉驻札”，此时的郑成功依旧没把这些人当回事，他想的是复制江东桥大战，之前在江东桥大战一波打垮陈锦，吓得长泰县守军弃城逃跑，如果在这里打垮金砺，饥饿疲惫的漳州守军必然开城投降，其实这么想也没错，毕竟他手上的三万多精锐主力在这几个月的围城战中并没有遭受太严重的损失，完全有力量和来援清军来一场堂堂正正的较量，但是，有一些事情是绝对不可能提前预见的。
郑成功依旧不慌。金砺先逼退围攻漳州的明军，然后于十月初一向古县的郑成功军发动进攻，郑成功也作出相应部署：郑成功本部札于田中的高埠处，中提督甘辉统亲丁镇郭廷、左援、前冲、中冲等镇埋伏于凤巢山山顶的密林之中，右提督黄山统右提剿余新、右冲镇柯鹏、护卫右洪承宠、礼武镇陈俸等阵于田中作头叠，又以前提督黄廷督右先锋廖敬、亢宿营林德等部为一军，两军为郑成功主阵左右两翼，赫文兴的骑兵居中支援，实际上，这又是类似于江东桥之战的阵型，主阵居中，左右两翼先和敌军交战，然后埋伏在密林里的军队趁机杀出，事实证明这个花招对于金砺同样管用。
手持大刀的明军。十月初三清晨，清军“遂分二股而来，先以一股冲我左边，中提督挥兵接战，约数合，胜负未分。继而我林内兵抄断其后，合兵通进，虏遂披靡，被我兵逐杀，死者过半。余者败回，作一堆齐拥直冲我右边，右提督挥兵接战”但是咱们都知道，这个17世纪的火器，无论是东方还是西方，火枪火炮开火的时候都会伴有大量的烟尘，此时正是西北风，郑军火炮火铳对着冲锋的清军骑兵齐射，这自然会制造出大量的硝烟，这些硝烟一下子被风刮回了郑军阵地，阵地内的郑军你看不见我，我看不见你，清军骑兵趁机反攻，明军大败，死亡非常多，右提督黄山、礼武镇陈俸、右先锋廖敬、亲丁镇郭廷、护卫右镇洪承宠阵亡，头叠的将领死了一多半，明军此战伤亡惨重，由郑成功战后的反应就可以看得出“藩集诸将，欲治丧师之罪，尽杀之”，他发了火，要把参战将领都杀光，幸亏中提督甘辉劝说，郑成功杀了一个先退的林德，同时又把右冲镇柯鹏捆起来杖责，并且将其革职，这才作罢。
八旗军。按清军的战报就是“我师奋勇直冲，鏖战逾时，追杀四十余里，积尸堆满山野，跳溺填盈沟河，夺获铳甲、刀枪累累不计其数，官兵搬捡十四日，教场堆积如山”但具体缴获了多少？歼灭了多少郑军？又俘虏了多少郑军，具体数字那是一个没有，但是也很好理解，毕竟人家此战赢了，吹一吹还是可以的，而且福建清朝当局在顺治十年发出的这份奏疏并不是来描述具体战况的，而是给参战将领叙功的，有功将领的名字和职务占了大半的篇幅，为了给大家讨赏，自然要把战斗中那些不太顺利的情节给省略掉。
此战，郑成功不仅损失了大量的兵力，而且还丧失了大片的地盘，之前收复的漳浦、诏安、平和、长泰等县城再次落入清方之手。但是你仍可以发现一点，直到年，除了南京战役，郑成功真没吃过太大的亏，这次漳州战役也一样，虽然丢了四、五个县城，而且兵马损失较为严重，但是远远没到伤筋动骨的地步，因为在之后的海澄大战之中，郑成功大败金砺。